Katastrofval för Merkels systerparti i Bayern
Omkring tio miljoner väljare bor i det konservativa fästet Bayern, där den politiska kartan nu ritats om rejält.
De stora vinnarna blev De gröna som med 17,7 procent av rösterna blir näst största parti.
Även det konservativa partiet Fria väljare går fram, till 11,5 procent.
Det främlingsfientliga partiet Alternativ för Tyskland (AFD) får 10,2 procent, enligt valsiffrorna strax före klockan 23.
Socialdemokratiska SPD stannar på 9,6 procent, ett katastrofval även för det partiet.
Skyller på Berlin
CSU är det djupt konservativa systerpartiet till Angela Merkels kristdemokrater CDU. De rekordlåga siffrorna är ett fullständigt dråpslag för ledarskiktet med partiordföranden Horst Seehofer och regeringschefen Markus Söder i spetsen.
””
SPD-ledaren Andrea Nahle medger det dåliga resultatet för sitt parti "och för alla partier i huvudfåran". Hon skyller nederlaget på hur dåligt storkoalitionen mellan CDU och SPD fungerat på det nationella planet.
Misslyckad taktik
CSU har under valrörelsen tagit ett kliv åt höger för att mota AFD i grind. I partihögkvarteret i München har man länge sett förbundskanslerns flyktingpolitik som en förklaring till det egna väljartappet, och Söder har klagat på "asylturism" till Tyskland - ett begrepp han sedan fick backa från efter kritik från oppositionen.
Men taktiken har uppenbarligen inte lyckats. Den tuffare linjen tycks inte ha gått hem hos väljarna och AFD kommer nu in i lantdagen, enligt undersökningen.
Stadig tillväxt, låg brottslighet, i princip full sysselsättning. Bayern går som tåget - men trots det har väljarna i den sydtyska delstaten inte varit nöjda med den nuvarande kursen och valet blev därmed ett rejält bakslag för de stora partierna.
TT