Kräver pengar av förbundet efter VM-sortin
De innestående betalningarna sträcker sig i vissa fall tillbaka till 2021.
"Laget är extremt frustrerat över att ha behövt jaga det nigerianska förbundet för dessa betalningar före och under turneringen och kanske även efter den", skriver Fifpro.
Det nigerianska landslaget skriver vidare att de inte ville ta upp frågan under VM, utan att de ville "fokusera på sin prestation utan att göra uttalanden eller annat som kan distrahera laget".
Fifpro säger att spelarfacket kommer att fortsätta arbeta med spelarna för att "säkerställa att deras kontraktsmässiga rättigheter respekteras och att de innestående betalningarna blir lösta".
Nigeria överraskade i VM genom att ta sig vidare från gruppen före OS-guldmedaljören Kanada innan det tog stopp mot England.